Yami Yugi ra đời vào lúc Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm. Cậu xuất hiện và giúp chú nhóc Yugi. Từ lúc đối đầu với Bakura, Yugi phát hiện rằng Yami Yugi chính là nhân cách thứ hai của mình. Và trên đảo Pegasus, sau khi hạ gục Pegasus, Yami Yugi đã được Pegasus nói về sự tà ác của các bảo vật ngàn năm. Yami Yugi muốn tìm về quá khứ của mình.
Sau khi hạ gục Yami Marik và có 3 lá bài thần linh, Yami Yugi bắt đầu hành trình đi về quá khứ. Cậu ta mới biết mình là Pharaoh thứ 18 của Ai Cập 3000 năm về trước. Cậu ta đã chiến đấu một cách rất dũng cảm trước The Thief Bakura mà trong trận đó, Shadi là người bị dính đòn của diabound, là bóng ma của Bakura. Trong trận chiến với sức mạnh bóng tối, Akunadin bán linh hồn mình cho bóng tối, trở thành pháp sư bóng tối, Kalim bị thiệt mạng đầu tiên, kế tiếp Shadi đỡ đòn cho Yugi rồi cũng thiệt mạng. Sau đó Yugi và các bạn đến kịp, nói cho Yami Yugi tên của cậu là Atem. Còn Hasan (chính là Shadel) bị Zorc tiêu diệt. Sau đó Atem gọi tên mình. Đó là câu thần chú để cả 3 vị thần trong xấp bài của Yugi xuất hiện trên bầu trời. Ba vị thần dung hợp tạo thành vị thần tạo ra ánh sáng Horakhty và đánh thắng sức mạnh bóng tối của Zorc.
Khi quay về hoàng cung tìm Seto, Atem đã quyết đấu với Seto (bị Akhunadin điều khiển). Sau khi Kisara (Cô gái mang linh hồn sở hữu thần rồng trắng,và được coi như người yêu kiếp trước của Seto) tiêu diệt Akunadin, Atem đã nhường ngôi lại cho Seto rồi ra khỏi thế giới ký ức.
Trong tập cuối, cả hai Yugi phải đấu bài trong cuộc chiến nghi thức (Ceremonial Battle). Atem thua cuộc và đi về thế giới bên kia (rõ ràng trận đấu này chỉ mang tính hình thức chứ kết quả thì đã được sắp đặt trước)